Soluția neutră de lipopolizaharidă poate fi păstrată la temperatura camerei timp de câteva luni, iar activitatea sa biologică nu se modifică semnificativ. Dacă este păstrat la 4 ℃ sau într-un frigider cu temperatură scăzută, activitatea sa biologică poate rămâne neschimbată timp de câțiva ani până la zeci de ani. Pulberea neutră de lipopolizaharidă uscată poate fi păstrată la temperatura camerei sau la frigider timp de zeci de ani sau mai mult, fără a-și pierde activitatea biologică.

Când lipopolizaharida este plasată într-o soluție acidă la temperatura camerei, moleculele sale suferă o degradare parțială. Această modificare implică în principal scindarea legăturilor glicozidice dintre polizaharidă și lipida A și scindarea legăturilor lipide A1-glucozide. Încălzirea poate promova această reacție. O soluție acidă puternică poate distruge complet lipopolizaharida în condiții de încălzire.

Factorii alcalini au o mare influență asupra moleculelor de lipopolizaharide, în principal asupra moleculelor de lipide A. În acest moment, legătura esterului 4-fosfat de pe scheletul lipidei A și legătura esterului acizilor grași din pozițiile 3 și 3 sunt ușor de distrus, ceea ce poate determina scindarea moleculei. În acest moment, moleculele degradate își pierd activitatea tipică de endotoxină. Lipopolizaharidele pot fi complet distruse în condiții alcaline puternice.